Diagnostic génétique post-natal -Introduction

Un examen de génétique constitutionnelle postnatale consiste à analyser les caractéristiques génétiques héritées ou acquises à un stade précoce du développement prénatal.

Cette analyse a pour objet (Article R. 1131-1 du code de la santé publique) :

  • Soit de poser, de confirmer ou d’infirmer le diagnostic d’une maladie à caractère génétique chez une personne ;
  • Soit de rechercher les caractéristiques d’un ou plusieurs gènes susceptibles d’être à l’origine du développement d’une maladie chez une personne ou les membres de sa famille potentiellement concernés ;
  • Soit d’adapter la prise en charge médicale d’une personne selon ses caractéristiques génétiques.

Les examens de génétique tumorale somatique et les examens réalisés dans le cadre du don (notamment analyses HLA dans le cadre de la greffe) sont en dehors du champ de la loi de bioéthique et donc de ce rapport annuel d’activité.

Différentes techniques permettent d’analyser ces caractéristiques génétiques. Si l’anomalie génétique est visible au niveau du chromosome, les techniques utilisées seront le plus souvent des techniques de cytogénétique (caryotype) y compris de cytogénétique moléculaire (hybridation in situ fluorescente : FISH). Si l’anomalie se situe au niveau de la molécule d’ADN, du gène, une technique de génétique moléculaire sera plutôt employée. Cette frontière autrefois franche entre cytogénétique et génétique moléculaire tend à disparaître avec l’avènement de techniques qui permettent d’appréhender des remaniements chromosomiques au niveau moléculaire : analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA), techniques de séquençage à haut débit aussi appelées séquençage de nouvelle génération (NGS pour Next Generation Sequencing), ou encore séquençage massif en parallèle car permettant de tester plusieurs gènes dans une seule technique (panels de gènes).

Ce rapport d’activité de génétique postnatale constitue un outil important pour connaitre les pratiques et les besoins, notamment dans le cadre de suivi des PRS (projet régional de santé) et du troisième plan maladies rares (PNMR). Ce rapport, unique en Europe, est en constante évolution pour s’adapter à l’évolution des pratiques.

Les données de génétique postnatale correspondent à l’activité 2019 des laboratoires. Elles ont été recueillies de manière spécifique en coopération avec les équipes Inserm Orphanet.

Une première campagne dite qualitative au mois d’octobre a permis de recueillir le descriptif des panels de gènes (la technique de NGS permet dans une indication clinique donnée d’analyser en un seul examen une série de gènes impliqués) : indication clinique du panel, maladies et gènes testés.

Dix laboratoires1  n’ont pas transmis leur rapport d’activité avant la fin de la campagne de recueil. Au final, 222 laboratoires ont rendu leur rapport annuel d’activité et parmi eux, sept laboratoires n’ont pas eu d’activité au cours de l’année 2019.
 

  1 Trois de ces laboratoires ont indiqué ne pas avoir eu d’activité en 2019. 

Parmi les 215 laboratoires ayant rempli un rapport d’activité auprès de l’Agence de la biomédecine, 61 ont au moins une activité de cytogénétique y compris de cytogénétique moléculaire (5 laboratoires avaient rempli un rapport en 2018 et ne l’ont pas fait en 2019) et 189 au moins une activité de génétique moléculaire. Trente-cinq laboratoires réalisent des examens dans les deux activités. Un peu plus d’un tiers des laboratoires autorisés pour la génétique moléculaire le sont uniquement pour une activité limitée (35%). Dans cette dernière situation, l’activité peut être limitée à un ou plusieurs examens de réalisation et d’interprétation généralement plus simples et qui nécessitent une expertise spécifique (exemple en hématologie, pharmacologie) (

Tableau POSTNATAL1

 et

Tableau POSTNATAL2

).

Les deux cartes de la

Figure POSTNATAL1

montrent la répartition géographique des laboratoires sur le territoire français. La répartition est à peu près équilibrée en dehors de la Guyane, de Mayotte et de la Corse qui sont dépourvues de laboratoires. La Martinique ne possède pas de laboratoire de génétique moléculaire. La répartition des laboratoires sur le territoire donne une indication sur l’organisation et l’offre de soins nationale mais ne permet pas d'appréhender l'offre de soins de proximité. En effet, souvent les laboratoires travaillent en réseau. Les prélèvements voyageant, certains laboratoires proposent un diagnostic d’expertise pour l'ensemble de la France. Dans le contexte de l’utilisation à titre diagnostique de l’outil NGS, les laboratoires ayant une activité non limitée s’inscrivent dans les recommandations professionnelles spécifiant l’importance d’utiliser le réseau des laboratoires d’expertise de la pathologie/gène donné pour l’analyse et l’interprétation des résultats. Seule une cartographie des consultations de génétique pourrait montrer l'accès aux soins au niveau régional.

Tableau POSTNATAL1. Laboratoires ayant déclaré une activité de génétique postnatale entre 2015 et 2019
Tableau POSTNATAL2. Activités pratiquées par les laboratoires de génétique moléculaire ayant une autorisation limitée entre 2015 et 2019
Figure POSTNATAL1. Répartition géographique des laboratoires de cytogénétique et de génétique moléculaire postnatale ayant déclaré une activité en 2019

En 2019, 531 520 personnes ont bénéficié d’un examen génétique constitutionnelle (

Tableau POSTNATAL3

). En 2018, ce chiffre était de 454 773 ce qui représente une augmentation de plus de 16,9 %. Cette augmentation, bien qu’observée dans tous les domaines, est principalement liée à aux examens de génétique moléculaire.

Chaque activité est détaillée dans le chapitre qui lui est dédié.

Tableau POSTNATAL3. Résumé de l'activité de génétique postnatale entre 2015 et